удалить домен в apache: удалить файл /etc/httpd/vhosts.d/example.com.conf
перезапустить апач: /etc/init.d/httpd restart
Создать бекап базы данных mysqldump -u root -p example > /home/ec2-user/db-backup/example-2013-05-01.sgl
Удалить пользователя из MySQL mysql -u root -p mysql> drop user u_example@localhost
Удалить базу данный mysql> drop database u_example
удалить пользователя(тут необходимо задуматься возможно есть данные которые необходимо сохранить из папки пользователя): userdel -r example.com Флаг r означает что необходимо удалить его home directory
Удалить почтовый ящик На студии - содержимое, почтовые ящики